PRBB structural biology seminar

Dr. Agustí Emperador, Institut for Research in Biomedicine (IRB, Barcelona)

“Protein flexibility in docking with discrete molecular dynamics simulations”

The aim of protein-protein docking is to predict how two proteins associate to form a complex. This means determining where will be the interface. This is a complex problem with many degrees of freedom. To reduce the sampling space, in general both proteins are considered to be rigid bodies (rigid docking). This reduces the problem to 6 degrees of freedom (3 for translation and 3 for rotation). The rigid body docking is a rude approach, since the proteins have flexibility and may undergo relevant conformational changes upon binding to the other protein when forming the complex. We have used discrete molecular dynamics (DMD) simulations to include the protein flexibility in docking configurations, and we have improved the predictive power of the method. DMD is a simplified molecular dynamics method much faster than standard MD, specially for systems with less that 10^3 particles.

Friday, November 18th 2011; 11:00-12:00
Seminar Room “Xipre” 173.06 (PRBB – 1st floor)

 

I reprduce here the original letter sent by Rafael Pulido, from the CIPF, where he explains the current loss of jobs at his institution. This is a warning on the starting to be dramatical situation of the Spanish research system, a system that has consolidated in the last decades as probably the most active in the South of Europe.

ERE EN EL CIPF DE VALENCIA

Estimados compañer@s,

Sorprendentemente, la mayor parte de los científicos españoles sigue sin saber que en el Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF) de Valencia se ha puesto en marcha, hace dos semanas, un severísimo ERE (sí, leéis bien: un expediente de regulación de empleo) que va a dejar en la calle a más de 100 personas de este centro de investigación (entre personal científico y de apoyo). La causa aducida para el ERE es de tipo económico, debido principalmente a la reducción de más del 50% en el presupuesto de funcionamiento del CIPF, que procede de la Conselleria de Sanitat de la Generalitat Valenciana. El ERE presentado contempla el cierre de 16 laboratorios, 14 líneas de investigación y la mayoría de los servicios tecnológicos, lo que supone el despido de todo el personal científico de los grupos (sí, leéis bien: de todo el personal científico, incluidos los técnicos, becarios, investigadores principales…) y la cancelación y renuncia, por parte del CIPF, de todos los proyectos de esos grupos (sí, leéis bien: proyectos del MICINN, FIS, etc). El resto de laboratorios no se libra, y su personal también se reducirá drásticamente. En tales circunstancias, las agencias financiadoras ya han empezado a anunciar la retirada de las subvenciones de proyectos concedidas a los grupos, porque consideran que éstos no podrán llevar a cabo la investigación para la que fueron concedidos los proyectos. Por si fuera poco, en paralelo a este ERE se ha abierto otro expediente que contempla una reducción salarial, para los que se queden en el centro, de hasta el 60%. El CIPF, que aspiraba a ser el buque insignia de la investigación biomédica en la Comunidad Valenciana, se ha convertido en pocos años, gracias a una nefasta gestión y al abandono de las subvenciones por parte de la Generalitat, en el barco fantasma de la ciencia española. Es la primera vez que un ERE de tal magnitud se aplica a un centro de investigación en Europa, posiblemente en el mundo, y sus consecuencias para la investigación biomédica en España, y sobre todo en la Comunidad Valenciana, van a ser devastadoras. Recibís este correo porque creemos que toda la comunidad científica (investigadores, sociedades científicas, agencias financiadoras, etc) tiene que ser conocedora de esta situación. Por favor, difundid este mensaje en vuestra red de contactos científicos porque, sorprendentemente, la mayoría de los profesionales que hacen ciencia en España siguen sin estar informados del ERE del CIPF. Adjuntamos dos “pósters” (castellano e inglés) que también os animamos a difundir.
Podéis obtener fácilmente información sobre el ERE del CIPF en cualquier buscador, o accediendo a nuestro blog: http://concienciavalencia.blogspot.com

Un saludo

Rafael Pulido Investigador Jefe del Laboratorio de Biología Molecular del Cáncer del CIPF Presidente del Comité de Empresa del CIPF

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